Instytut założony został w 2000 r. pod nazwą Instytut Integracji Europejskiej. Powstanie think tanku było odpowiedzią na postępującą integrację Polski w strukturach unijnych. Proces ten niósł za sobą potrzebę podjęcia działań mających na celu wypracowanie koncepcji z zakresu polityki zagranicznej, które jak najlepiej służyłyby polskiemu interesowi narodowemu w okresie przedakcesyjnym i przyczyniłyby się do pełnego przygotowania Polski do członkostwa w Unii Europejskiej.

W wyniku bezprecedensowego rozszerzenia, najpierw w 2004 r., a następnie 2007 r. Unia stała się bogatsza o 12 nowych państw z Europy Środkowo – Wschodniej i stanęła przed nowymi wyzwaniami – instytucjonalnymi, gospodarczymi, międzynarodowymi i społecznymi. Z kolei w Polsce, szybko stało się oczywistym, iż legislacja i instytucje unijne nie rozwiążą wszystkich polskich problemów. Instytut wyznaczając sobie nowe cele zmienił swoją nazwę na Instytut Kościuszki i rozszerzył działalność badawczą wspierając skuteczność Polski na forum Unii Europejskiej oraz trwałość sojuszu transatlantyckiego. Aktywność ekspercka think tanku skoncentrowana została głównie na kwestiach związanych z bezpieczeństwem energetycznym i gospodarczym, Instytut podejmował również szereg inicjatyw wspierających praworządność i krzewienie wartości demokratycznych.

Na przestrzeni kolejnych lat, rosnące napięcie geopolityczne, konflikt na Ukrainie i nowe zagrożenia o charakterze hybrydowym, wymusiły na całej społeczności międzynarodowej redefinicję klasycznego podejścia do bezpieczeństwa. Zdając sobie sprawę z konsekwencji dynamicznego rozwoju nowych technologii i tzw. czwartej rewolucji przemysłowej, rezonującej na strategiczne obszary funkcjonowania państw i społeczeństw, Instytut dostrzegł potrzebę wypracowania rozwiązań mających na celu budowę europejskiego systemu cyberbezpieczeństwa, w którym Polska, wykorzystując swój ogromny potencjał, może stać się jednym z liderów. Kluczowego znaczenia nabrały również projekty Instytutu Kościuszki wychodzące na przeciw wyzwaniom dla bezpieczeństwa granic, związanych z konfliktem rosyjsko-ukraińskim, wojną w Syrii i kryzysem migracyjnym.

Obserwując dynamikę bieżących wydarzeń i analizując merytoryczne przesłanki, eksperci think tanku już na wczesnym etapie starają się sygnalizować możliwe zagrożenia. Ponad 15 lat działalności Instytutu Kościuszki to nie tylko okres wysiłków na rzecz realizacji polskich interesów narodowych i budowania pozycji naszego kraju na arenie międzynarodowej, ale także starania mające na celu zwiększanie roli organizacji pozarządowych w przestrzeni publicznej. Przeświadczenie, iż to właśnie aktywne zaangażowanie ośrodków myśli niezależnej stanowi fundament dojrzałych demokracji, utwierdza nas w przekonaniu o misyjnym charakterze naszej działalności i motywuje do umacniania swojej pozycji w pierwszej lidze europejskich ośrodków eksperckich.